# 宗教法庭
天主教的教宗在公元1233年成立宗教法庭，又称异端裁判所。此后延续发展了400多年。宗教法庭专门审查别人的思想，它所标榜的是互相告密成为高尚的行为。而它的原则是：证明无罪的责任全在被告身上。
于是成千上万与世无争的平民百姓，仅仅由于邻居的多嘴几句，道听途说的一些东西，半夜就被逮捕了。被捕之后送入宗教法庭，没人跟他说罪名是什么，指控的内容如何，也不许他知道证人是谁，不许他于亲属联系，不许他请律师。如果他坚持无罪的话，就可能被打断四肢。最后屈打成招的话，就会被交给当地政府的法庭。所以宗教法庭宣称自己没有杀过人，但它把犯人交给当地的政府法庭，如果政府法庭不把这样的人定下死罪，他就会受到很大的压迫。
有关宗教法庭最有名的有两个案例：北方的圣女贞德，南方的哲学家布鲁诺。（北方，英法；南方，意大利）
圣女贞德的案例发生在英法百年战争中。圣女贞德(1412 - 1431)仅活了19岁。她在英法战争时号召法国人起来抵抗英军，保卫国家。她本来是一位名族英雄，结果英法两国谁也不能打败谁，双发妥协之后就把圣女贞德送上宗教法庭，说她是女巫。在中世纪，一位女性只要有深刻的思想与明确的观念，并且敢于表达出来的，通常都会被告女巫而死于非命，圣女贞德就这样牺牲了。
布鲁诺(1548 - 1600)是意大利研究自然科学的哲学家，接受新柏拉图主义的思想，认为世界是上帝的流衍与反映。**他开始的时候强调上帝的超越性及不可理解性，但他的思想渐渐转向强调上帝的内存行，肯定世界灵魂就是普遍的知性，而世界万物也是无限的。**他后来又受到哥白尼(1473 - 1543)的启发，反对地心说，也反对以人类为中心的宇宙观。他公然否定某些重要的教义，强调应该有双重真理，就是启示方面的真理，另外还有理性方面的真理。
# 赎罪券
赎罪券开始于罗马教宗英诺森三世(Innocent Ⅲ 1198 - 1217)，他曾发起过几次十字军东征。
说到十字军东征，从11世纪后期到13世纪后期，200年之内至少发动过9到10次的东征。有时候打到耶路撒冷，对付伊斯兰教徒；有时候打到君士坦丁堡，对付东正教教徒。他们每到一个地方就烧杀掳掠，借宗教之名而行侵略之实，满足许多人贪婪的欲望。
后来法国的普罗旺斯出现了一些异端。于是英诺森三世就召集一支十字军攻打普罗旺斯。这次他特别宣布：只要在40天之内志愿加入远征军的，他们的券债可以免息，可以赦免过去以及未来的一切罪孽，而在某一段时间之内所犯的罪不用受一般法庭的审判。这就是赎罪券的开始。
天主教的阶级统治发展为政治上的世俗主义，重视利害关系、人情亲疏等等。所有的一切都要考虑到经济上的利益，因此他们曾经让很多信徒用付钱的方式来抵免某些惩罚。
贩卖赎罪券所得的钱，虽然有一部分是用在艺术与建筑方面，是的文艺复兴时代许多重要的文化资产得以实现与保留，这当然不失为一种贡献，但是相较于天主教失去纯正的宗教精神则是得不偿失。
用哲学来反省，就会发现宗教领域再也没有比用金钱买赎罪券更荒谬、更难以想象的事。而在宗教里面这更是完全违背了宗教的精神。
# 马丁路德
只要信仰，就能得救。
—— 马丁路德
公元1517年，马丁.路德在德国威登堡教堂门上贴出了95个问题，都是针对天主教提出的质疑。这个举动标志着从文艺复兴一路发展到现在一百多年的宽容时代的结束。
事实上，文艺复兴与宗教改革宣称追求的是同一个目标，但采取的手段不一样。都是要肯定一个人有自主权，可以追求古典美好的东西，也可以是“得救之途”。但这种新的自由有时候比过往的束缚更令人难受，因为是非黑白不是一刀切，自由往往让人无所适从。
马丁路德认为，真正的基督宗教建立在以下三点：信仰、恩宠、《圣经》。他强调人不可能借着行善、告解或其他仪式得到赎罪，更不用说购买赎罪券；只有耶稣基督能够拯救人类，只有人对上帝的信仰能为自己赎罪。信仰的源泉是《圣经》。对基督的信仰绝对胜过对教会学说的信仰，也就是不可以把教会放在上帝与信徒之间。《圣经》是唯一的权威，信徒可以直接并自由的体验上帝的恩宠。
在天主教内部出现反改革运动，引起宗教战争，绵延上百年，造成民族国家的兴起，以及政治与宗教之间复杂混淆的局面。结果是天主教依然保持它统一完整的体系，而宗教改革之后的新教（也称作抗议教）就分裂成许多不同的派别。所谓基督宗教的“一教三系”，就是天主教、东正教以及宗教改革之后的新教，新教的中文翻译就是基督教。
# 哲学如何影响科学
# 从柏拉图哲学到哥白尼
西方文艺复兴有一个关键作为，就是在弗洛伦萨成立了柏拉图学院。而《柏拉图全集》也被翻译成拉丁文，让许多人可以阅读。
柏拉图使用“它像太阳一样照亮一切”来比喻“善的理型”。而新柏拉图主义进一步用流衍论，从太一流衍出一层一层，最后是万物，太阳反映了这个中心。这就是柏拉图哲学对宇宙的基本看法。
这种看法让哥白尼深受启发。他发现以地球为中心来观察，行星的轨道非常复杂，然后他开始以太阳为基点观察行星，最后写下《天体运行论》，指出地球不断自传，同时也绕日而转。
# 伽利略
伽利略认为对实质问题的讨论不能由《圣经》的经文权威去找，要由来自感官的经验与必要的观察。他的著作《伟大世界体系的对话录》被列在天主教的禁书名单长达100年，伽利略被迫放弃自己的主张，甚至受到软禁。这样一来，对科学家的压力切断了地中海地区的科学命脉，使科学研究逐渐转移到欧洲北部。
# 达.芬奇
达.芬奇(1452 - 1519)，他所在的年代比哥白尼还要早，他是一位重要而伟大的艺术家，有两幅代表作《最后的晚餐》、《蒙娜丽莎》，都是传世之作。
达芬奇在哥白尼之前40年已经写下一句话：“太阳并不移动，地球不是太阳轨道的中心，也不是宇宙中心。”他在牛顿之前200年已经写下：“所有重量最后会以最短的方式朝中心落下，而每个沉重的物体都往下压迫，无法一直往上举，所以整个地球必定是一个球体。”他在达尔文之前400年已经指出：“人类与猴子、猩猩同类，除了偶发事物之外，人与动物并无不同。”
达.芬奇本人是弗洛伦萨当权派极力支持的艺术家。他在60岁来到罗马，但当时的教宗已经重用了把他小23岁的米开朗基罗(1475 - 1564)，以及比他小31岁的拉斐尔(1483 - 1520)，无法顾到60岁的达.芬奇（达.芬奇的宇宙观对当时的教会还是一个威胁）。幸好他得到法兰西国王的赞助，据说达.芬奇实在法国国王的怀抱中过世的，死前还充满了懊恼，向上帝及世人道歉，就因为他留下太多未完成的作品。他传世的作品只有17幅，大部分都是计划中而未完成的。他一生追求真与美，随身携带一本笔记，写下他的灵感，笔记多达1000多页。